一、创业阶段（1984-1999）
1978年，原国家教委批准成立南京大学环境科学研究所
1984年，环境科学系正式成立，招收环境化学和环境生物学两个专业方向的本科生
1989年，原国家计委批准建设“污染控制与资源化研究国家重点实验室” （与同济大学共建），1995年通过验收，2000年、2005年、2010年三次通过评估
1993年，更名为环境科学与工程系
1994年，环境科学成为江苏省重点学科
1999年，环境学院成立

二、发展阶段（1999-2012）
2000年，获环境科学与工程学科一级学科博士学位授予权
2001年，环境科学成为国家重点学科，环境工程成为江苏省重点学科，环境科学与工程成为江苏省一级重点学科
2007年，环境科学国家重点学科通过评估
2007年，张全兴教授被评为中国工程院院士
2008年，环境工程成为国家重点学科培育点
2009年，“环境科学与工程国家级实验教学示范中心”获教育部批准建设
2009年，“国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心” 获科技部批准建设
2010年，环境学院整体搬迁南京大学仙林校区
2012年，教育部学科评估全国排名第三
2012年，南京大学水污染控制先进技术与装备协同创新中心成立

三、攀峰阶段（2013-2022）
2013年，“国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心”通过科技部验收
2013年，“社会经济环境国家级虚拟仿真实验教学示范中心”获教育部批准建设
2013年，“江苏省产业技术研究院水污染控制与资源化工程技术研究所”批准建设